Virkningene på surhetsfølsomme organismesamfunn kan likevel ses klart. Man har studert små innsjøer i Norge, Finland og Russland. De norske innsjøene ligger i Jarfjord-området nord for Petsjenganikel i dominerende vindretning. I Finland ligger innsjøene i Vätsäri i østlig retning fra Petsjenganikel, som er svært lite utsatt for utslipp. De russiske innsjøene ligger hovedsakelig i Petsjenga-området i nærheten av og øst for utslippene.
Vannkvalitet
Påvirkningene fra Petsjenganikels gruve- og metallindustri vises i varierende grad i vannkvaliteten i de små innsjøene i grenseområdet. Tungmetaller og forsurende avsetninger transporteres til innsjøene gjennom luften. Den dominerende vindretningen fra sørvest transporterer hovedsakelig forurensningen til områder som ligger nord og nordøst for utslippskildene. Vannkvaliteten har imidlertid blitt noe bedre etter at utslippene fra industrien har blitt redusert.
Konsentrasjonene av tungmetaller i innsjøene i hele grenseområdet er høyere enn i innsjøer i referanseområdet. Problemer som påvirker organismene i innsjøene observeres mest innenfor en radius på 10 km fra smelteverkene hvor nikkel- og kobberkonsentrasjonene er mangedoblet sammenlignet med resten av området. Det er i enkelte innsjøer i Jarfjord-området målt høyere konsentrasjoner siden 2004 enn i løpet av hele overvåkingen gjennom 1990-tallet. Økingen av kobberinnhold fortsetter å øke i små innsjøer studert i alle tre land. Nikkelinnhold øker fortsatt i Norge og Russland.
Nikkel (mørkeblå)- og kobberinnhold (lyseblå) i seks innsjøer i Jarfjord. Gjennomsnittlig er konsentrasjonene i norske innsjøer Cu 0,03 µg/l og Ni 0,05 µg/l
Påvirkningen fra forsurende svovelkonsentrasjoner er spredd over større områder enn tungmetallene. Små innsjøer er følsomme for sur nedbør. De mest følsomme innsjøene finner man i Jarfjord, Sør-Varanger og Vätsäri. Dette er områder der berggrunnen hovedsakelig består av sure steintyper som granitt og gneis, og jordsmonnet er tynt.
Noen steder er de små innsjøene beskyttet mot forsurning fordi jordsmonnet og berggrunnen i området er alkalisk (kalkrik). Takket være dette har disse innsjøene en naturlig sterk bufferevne, og den sure nedbøren blir nøytralisert. En annen nøytraliserende faktor er alkaliske støvutslipp fra industrien. Påvirkning av dette vises klarest i miljøer i Peisen i nærheten av utslippskildene.
I den siste tiden er det observert en viss forbedring i de små innsjøene i de mest følsomme områdene i Jarfjord og Vätsäri. Sannsynligvis er dette en følge av at svoveldioksidutslippene har gått ned.
Sedimenter
På 1990-tallet ble det forsket både nasjonalt og internasjonalt på forurensning i
sediment
Sediment
I forbindelse med vannundersøkelser betyr sedimenter avleirede løsmasser som er transportert og avsatt på bunnen av vassdrag. Det er vanligst at sedimenter dannes på hav-, innsjø- og elvebunn.
Ved å analysere sedimentlag kan man få informasjon om utslipp i vassdrag og variasjonene i disse over et lengre tidsrom. Sedimentundersøkelser brukes for eksempel for å utredre endringer i tilstanden til vassdrag samt klimautviklingen til ulike tider.
i de små innsjøene i grenseområdet. På grensen mellom Norge og Russland ble konsentrasjonen av kvikksølv, nikkel og bly målt i innsjøsedimenter innenfor det siste tiåret. I Sør-Varanger kommune ble også forekomsten av enkelte tungt nedbrytbare organiske miljøgifter (såkalte persistente organiske miljøgifter) målt i innsjøene.
I de undersøkte små innsjøene i Inari-Pasvik-området består de øverste centimeterne av bunnsedimentene av partikler som er avsatt i løpet av de siste 10-20 årene. Nedre sedimentlag beskriver tiden før industrialiseringen av Kolahalvøya og til og med tiden før den industrielle revolusjonen i Europa. For eksempel kan tungmetallenes naturlige bakgrunnskonsentrasjoner studeres noen titalls centimeter under overflaten.
De viktigste tungmetallene i området er kobber og nikkel. Andre tungmetaller er for eksempel kadmium, kobolt, arsen, sink, kvikksølv og bly.
Konsentrasjonene av tungmetaller i ulike bunnsedimentlag viser forurensningshistorien. Tungmetallinnholdet begynte å gå sakte opp allerede midt på 1600-tallet, i begynnelsen av industrialiseringen av Europa, da vinden førte forurensning til arktiske områder. Den største økningen i konsentrasjonsnivået begynner imidlertid i kjølvannet av åpningen av Petsjenganikel smelteverk for kobber og nikkel på 1920- og 1930-tallet.
Det er en klar sammenheng mellom graden av forurensning i sedimentene og avstanden til smelteverkene. En kan dermed konkludere med at forurensningen som er funnet i sedimentene kommer fra industriutslipp i området. Forurensingskonsentrasjonen i de ulike innsjøene er også påvirket av den fremherskende vindretningen, som i dette området oftest går i nordøstlig retning fra smelteverkene. De mest forurensete områdene med høyeste tungmetallkonsentrasjoner ligger nærmest smelteverkene og i Jarfjord i Norge i dominerende vindretning. De høyeste konsentrasjonene av nikkel, kobolt, kadmium, arsen og kvikksølv overgår bakgrunnskonsentrasjonene fra 2 til 25 ganger og ble observert i innsjøer beliggende nærmere enn 50 km unna. Konsentrasjoner av metaller som kommer fra smelteverkene blir mindre 60-100 km fra verkene, men innholdet av andre tungmetaller, som for eksempel bly, er fortsatt høyt.
Innsjøsedimenter er mest forurenset av tungmetaller innenfor en radius på 10 kilometer fra smelteverket. Påvirkning fra kombinatet kan merkes opp til 50 kilometers avstand fra Nikel.
Plankton
Små innsjøer har et bredt spekter av ulike planteplankton. De vanligste gruppene av arter var kisel-, blågrønn- og gulalger, men norske, finske og russiske småinnsjøer har ulik sammensetting av arter. Forskjellene i artssammensetting kommer hovedsakelig av vannkjemiske forhold. Artsmangfoldet av planteplankton er størst i russiske innsjøer, som også er mest næringsrike. Minst mangfold av arter er det i innsjøene i Jarfjord. Innsjøene i Jarfjord har høyest tungmetall- og sulfatinnhold, og det virker som om smelteverket for kobber og nikkel i Petsjenganikel påvirker planteplanktonsamfunnet.
Kiselalger festet på ulike overflater i bunnen av innsjøer overvåkes for å utrede vannkvalitet og endringer i den. Kiselalger reagerer raskt på endringer for eksempel i næringsinnhold og surhet. Også tungmetallinnhold påvirker algeveksten. Artsmangfoldet var størst i innsjøene i Vätsäri. Artene der anses å være følsomme overfor forurensning. Minst artsmangfold var det i innsjøene i Jarfjord. Dette skyldes mest sannsynlig høyt tungmetallinnhold og tidligere alvorlig forsuring.
Bunndyr
Endringer i antall individer, artsrikdom og samfunnsstruktur avspeiler endringer i omgivelsene. Bunndyrene i små innsjøer er svært følsomme overfor forsuring av vann. Med gradvis forbedring av innsjøenes vannkvalitet forbedres også tilstanden til bunndyrene. Bunndyrenes tilstand er fortsatt dårligere i små innsjøer nærmest industrianleggene enn lenger unna. Innsjøer som ligger lenger unna anleggene er mindre belastet av forurensingen.
I innsjøer lenger unna industrianleggene har man av ukjente årsaker observert en forverring i tilstanden til bunndyrene. Selv om vannkvaliteten i innsjøene i grenseområdet er blitt noe bedre og mengden individer av forsuringsfølsomme bunndyr har økt, har den totale mengden ulike bunndyrsarter blitt betydelig redusert. Årsakene til dette kan være enten naturlige og eller menneskeskapte.
Det totale antallet bunndyrarter i strandsonen er i gjennomsnitt like stort i innsjøene i Vätsäri i Finland og i innsjøene i Russland (36 og 34 arter), antallet av arter i norske Jarfjord er merkbart mindre (24 arter). Også antall
arter særdeles følsomme overfor forurensning,
EPT
Til EPT-gruppen hører artsgrupper av bunndyr som døgnfluer (Ephemeroptera), steinfluer (Plecoptera) og vårfluer(Trichoptera), og de er alle sensitive overfor miljøendringer. Disse omtales som indikatorgrupper, da forekomsten av arter som tilhører disse gruppene beskriver vassdragets tilstand. Hvis det finnes mange sensitive arter, er vassdragets tilstand god.
som døgnfluer (Ephemeroptera), steinfluer (Plecoptera) og vårfluer (Trichoptera), er lavere i Jarfjord. Årsaken til dette er antakelig høyere sulfat- og tungmetallkonsentrasjoner i Jarfjord, men også den gjennomsnittlig mer nordlige beliggenheten og mindre nedbørsfelt kan være påvirkende faktorer. Antallet bunndyr på dypt vann er ganske små i alle studerte innsjøer.
I noen innsjøer på finsk side har enkelte vevsprøver av vårfluelarver vist forhøyede aluminiumskonsentrasjoner sammenlignet med situasjonen på begynnelsen av 1990-tallet. Resultatene er imidlertid usikre og det er behov for videre undersøkelser for å gjøre sikrere konklusjoner.
Fiskebestander
Gruveindustriens miljøpåvirkninger ses i fiskebestandene i grenseområdets små innsjøer. Påvirkningene er mest synlige i innsjøer og i tjern nærmest industrianleggene, der blant annet tungmetaller samler seg opp i fisk og kan forårsake skade. Fiskebestandene blir også påvirket av tungt nedbrytbare organiske miljøgifter som hoper seg opp i dyrenes fettvev og blir dermed anriket oppover i næringskjeden. Forsuring forårsaket av svoveldioksidutslipp er stedvis også et problem.
Fangst per fiskeredskap og per fiskedøgn var hovedsakelig ganske lav i de studerte norske, finske og russiske innsjøene. Dette er normalt i nordlige, næringsfattige innsjøer. De naturlige fiskeartene er hovedsakelig laksefisk og ulike former av sik som trives i kaldt vann. For eksempel i innsjøer i norske Jarfjord er ørret og røye de hovedsakelige artene. Disse artene går tilbake når vanntemperaturen øker, og andelen av abbor, gjedde og mortfisk, som trives i varmere vann, øker. Denne type endringer i artssammensetting over ganske korte tidsperioder er allerede observert i flere av innsjøene i prosjektområdet i Russland. Det er videre observert at belastningen av skadelige stoffer bidrar til endringer.
Tungmetalleksponering fører til misdannelser hos fisk. Man har observert misdannelser i lever, nyrer, kjønnskjertler og gjeller hos studerte sik, abbor og røye i de russiske små innsjøene. De mest vanlige er leverskader, økning av bindevev i nyrer og kjønnskjertler, delt oppbygging av kjønnskjertler, ujevn modning av rogn og melke og misdannelser i gjellegitterstaver hos sik.
Viktige tungmetaller i små russiske innsjøer er blant annet kobber, nikkel og kvikksølv. Kobber hoper seg hovedsakelig opp i fiskens lever og nyrer. Kobberinnholdet har enten økt eller holdt seg stabilt de siste tiårene. Nikkel avsettes hovedsakelig i nyrer og gjeller, og konsentrasjonene har gått litt ned. Kvikksølv akkumuleres hovedsakelig i lever og nyrer, og konsentrasjonene er størst i rovfisk. Man har imidlertid observert kvikksølvkonsentrasjoner over høyeste tillatte innhold også i muskelvev hos abbor og gjedde.
Nikkel- og kobberkonsentrasjoner er høyest i små innsjøer mellom Nikel og Zapoljarnyj, og i mange innsjøer er fiskebestandene totalt utryddet. Bare 20 % av nikkelutslippene blir transportert gjennom luften. Innsjøenes nikkelkonsentrasjoner avtar med avstand fra smelteverkene. Nikkelkonsentrasjonen i nyrene til sik i de undersøkte små innsjøer er på samme nivå som i øvre deler av Pasvikelva oppstrøms utslippskildene. Når det gjelder kobberkonsentrasjoner er situasjonen ikke så entydig, årsaken til dette kan være områdets naturlige variasjoner i kobberkonsentrasjonen.
Nikkelinnholdet i nyrene hos sik minker raskt når avstanden
fra smelteverket øker.
Forsuringens direkte påvirkning på fiskebestandene kan observeres i noen svært små innsjøer i en avstand av 10-40 km fra smelteverkene, spesielt i de områder der jordsmonnets og berggrunnens naturlige bufferevne er svak. I Jarfjord for eksempel har ørret- og røyepopulasjoner tatt skade av forsuring. I Vätsäri i Finland har forsuringen utryddet ørekyt fra enkelte mindre innsjøer (mindre enn 5 hektar).
Forsuring av vann er fortsatt en risikofaktor for fiskebestandene i de minste og mest følsomme innsjøene, selv om observasjonene i de siste ti årene har vist at bufferevnen i disse er blitt noe forbedret som følge av reduserte svovelutslipp. I umiddelbar nærhet av smelteverkene har alkaliske (kalkrike) støvutslipp økt innsjøenes bufferevne slik at det ikke finnes forsurede vassdrag i en radius av 10 km fra smelteverkene.
Den nyeste rapporten om tilstanden til de små innsjøene i grenseområdet, ‘Pasvik Water Quality until 2013 ’, redegjør for utviklingen av vannkvalitet i årene 2000–2013. Sedimentenes tilstand og biologisk tilstand behandles i rapporten Environmental Challenges in the Joint Border Area of Norway, Finland and Russia.
De forsuringsfølsomme små innsjøene i grenseområdet har til en viss grad kommet seg som følge av reduksjon i svoveldioksidutslipp. 
