Menneskelig virksomhet forårsaker mange miljøtrusler i området Inari-Pasvik.
Gruve- og metallindustrien i Petsjenga i Russland, vannkraftutbyggingen i Pasvikelva og klimaendringer
endrer de naturlige miljøene i området.
Den største utslippskilden i området er Petsjenganikels gruve- og metallindustri i Petsjenga. Utslipp av svoveldioksid og tungmetaller har pågått siden begynnelsen av 1930-tallet. Luftutslipp spres med vinden og påvirker derfor industriområdenes nærområder og i tillegg også fjernere områder. Utslipp av avfallsvann gjør stor skade i visse deler av Pasvikelva rett nedstrøms fra utslippskildene.
Svovelnedfall fører til forsuring, som har forårsaket store endringer i enkelte av vassdragene i Inari-Pasvikområdet. Forsuring er skadelig for mange organismer, og forsuringsfølsomme arter kan forsvinne helt fra innsjøer som blir utsatt for sur nedbør.
I den siste tiden har man observert at noen av de forsurete innsjøene har kommet seg. Det er likevel stadig et problem at giftige tungmetaller fra industrianleggene spres i omgivelsene. Man kan klart påvise at det er Petsjenganikel som er kilden til forhøyete konsentrasjoner av nikkel, kobber og mange andre tungmetaller. Tungmetaller er svært skadelige for miljøet, fordi de ikke brytes ned i naturens prosesser.
Vannkraftregulering har påvirket vannmiljøene både i Enaresjøen og Pasvik. De sju dammene for vannkraftregulering har ført til endringer i bunnfaunasamfunn og fiskebestander i vassdragene.
Klimaendringene i Pasvik-området viser seg for eksempel i økning i gjennomsnittstemperaturer, økt endringshastighet for temperatur og økning i nedbør. Klimaendringene har allerede ført til tydelige endringer i fisk i Pasvikelva, og virkningen på området forventes å øke ennå mer i fremtiden.
Menneskelig virksomhet forårsaker mange miljøtrusler i området Inari-Pasvik. 
