Inarin–Paatsjoen alueen ympäristöön kohdistuu useita ihmisen aiheuttamia uhkia.
Venäjän Petsamossa sijaitseva kaivos- ja metalliteollisuus, Paatsjoen valjastaminen vesivoimaa varten ja ilmastonmuutos aiheuttavat muutoksia alueen luonnonympäristöissä.
Alueen suurin päästölähde on Petsenganikelin kaivos- ja metalliteollisuus Petsamossa. Rikkidioksidi- ja raskasmetallipäästöt ovat jatkuneet 1930-luvun alusta asti. Ilmapäästöt leviävät tuulen mukana ja vaikuttavat siksi teollisuusalueiden lähiympäristön lisäksi myös kaukaisempiin alueisiin. Jätevesipäästöt ovat suuri haitta Paatsjoen tietyissä osissa heti päästölähteistä alavirtaan.
Rikkilaskeuma aiheuttaa happamoitumista, mikä on saanut aikaan suuria muutoksi joissain Inarin–Paatsjoen alueen vesistöissä. Happamoituminen on haitallista monille eliöille ja sille herkät lajit voivat jopa kadota kokonaan happosateelle altistuneista järvistä. Viime aikoina joidenkin happamoituneiden järvien on havaittu toipuneen. Nykyään ongelmana ovat kuitenkin yhä teollisuuslaitoksista ympäristöön leviävät myrkylliset raskasmetallit. Nikkelin, kuparin ja monien muiden raskasmetallien kohonneet pitoisuudet ovat jäljitettävissä nimenomaan Petsenganikelistä johtuviksi. Raskasmetallit ovat ympäristölle erittäin haitallisia, sillä ne eivät hajoa luonnon prosesseissa.
Säännöstely vesivoimaa varten on vaikuttanut sekä Inarijärven että Paatsjoen vesiympäristöihin. Säännöstely seitsemällä voimalaitospadolla on saanut aikaan muutoksia vesistöjen pohjaeläinyhteisöissä ja kalakannoissa.
Ilmastonmuutos ilmenee Paatsjoen alueella esimerkiksi keskilämpötilojen nousuna, lämpötilan muutosnopeuden kiihtymisenä ja sateisuuden lisääntymisenä. Ilmaston muuttuminen on jo nyt aiheuttanut havaittavia muutoksia Paatsjoen kalastossa ja tulevaisuudessa sen vaikutus alueella tulee yhä lisääntymään.
Inarin–Paatsjoen alueen ympäristöön kohdistuu useita ihmisen aiheuttamia uhkia. 
